ഓപ്പൺട്രോൺസ് OT-2 ലിക്വിഡ് കൈകാര്യം ചെയ്യുന്ന റോബോട്ട് ഉപയോക്തൃ ഗൈഡ്

OT-2 ലിക്വിഡ് ഹാൻഡ്‌ലിംഗ് റോബോട്ടിൽ നടപ്പിലാക്കുന്ന പിസിആർ ഉപയോഗിച്ച് ശരിയായി കൂട്ടിച്ചേർത്ത പ്ലാസ്മിഡ് ഡിഎൻഎ അടങ്ങിയ കോളനികളെ വിദ്യാർത്ഥികൾ തിരിച്ചറിയുക എന്നതാണ് ഇന്നത്തെ ലക്ഷ്യം. ഓപ്പൺട്രോൺ പ്രോട്ടോക്കോൾ ഡിസൈനർ.
ഇത് ചെയ്യുന്നതിന്, വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് ഇത് ആവശ്യമാണ്:

പ്രൈമറുകൾ തിരിച്ചറിയുക ampവെക്റ്റർ ബാക്ക്ബോണിനും ഇൻസേർട്ടിനും ഇടയിലുള്ള ജംഗ്ഷനിൽ വ്യാപിച്ചുകിടക്കുന്ന ഒരു ശകലം ലിഫൈ ചെയ്യുക

മാനുവൽ E. coli PCR കോളനി സ്ക്രീനിംഗ് പ്രോട്ടോക്കോൾ മനസ്സിലാക്കുക
ഒരു OT-2 E. coli PCR കോളനി സ്ക്രീനിംഗ് പ്രോട്ടോക്കോൾ വികസിപ്പിക്കുന്നതിന് പ്രോട്ടോക്കോൾ ഡിസൈനർ ഉപയോഗിക്കുക

വിദ്യാർത്ഥി പ്രേക്ഷകർ

വിർജീനിയ ടെക്കിലെ (BSE 3984) കോളേജ് ഓഫ് ബയോളജിക്കൽ സിസ്റ്റംസ് എഞ്ചിനീയറിംഗിലെ മിഡ് മുതൽ ഉയർന്ന തലത്തിലുള്ള ബിരുദ വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് വേണ്ടിയാണ് ഈ ലാബ് രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിരിക്കുന്നത്.
വ്യക്തിഗത വിദ്യാർത്ഥികളേക്കാൾ OT-2 പ്രോട്ടോക്കോൾ ഇൻസ്ട്രക്ടർ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനാൽ ലാബിന് മിക്ക ക്ലാസ് വലുപ്പങ്ങളും ഉൾക്കൊള്ളാൻ കഴിയും.

പശ്ചാത്തല അറിവ്

മാനുവൽ പൈപ്പറ്റിംഗ്, കോളനി സ്ക്രീനിംഗ്, ഡിഎൻഎ എന്നിവയെക്കുറിച്ച് ആശയപരമായ ധാരണയോടെ വിദ്യാർത്ഥികൾ ലാബിൽ വരണം ampലിഫിക്കേഷൻ, ജെൽ ഇലക്ട്രോഫോറെസിസ് ഫലങ്ങൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കൽ/വ്യാഖ്യാനം എന്നിവ.

പ്രധാന കഴിവുകൾ

ലബോറട്ടറി കഴിവുകൾ
പൈപ്പിടൽ, എസ്ampലെ തയ്യാറാക്കൽ, ലബോറട്ടറി ഓട്ടോമേഷൻ ഉപകരണങ്ങളുടെ ഉപയോഗം
വിമർശനാത്മക ചിന്ത
ജെൽ ഇലക്ട്രോഫോറെസിസ് ഫലങ്ങളുടെ വ്യാഖ്യാനം, ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ്, കാര്യക്ഷമതയ്ക്കായി ഓട്ടോമേഷൻ രൂപകൽപ്പന ചെയ്യൽ, ഓട്ടോമേഷൻ സമീപനങ്ങൾ പരിഗണിക്കുക

സപ്ലൈസ്

ഓപ്പൺട്രോൺ ഉപകരണങ്ങൾ

P20 സിംഗിൾ-ചാനൽ GEN2
P300 സിംഗിൾ-ചാനൽ GEN2
ഓപ്പൺട്രോൺസ് 96 ടിപ്പ് റാക്ക് 20 µL
ഓപ്പൺട്രോൺസ് 96 ടിപ്പ് റാക്ക് 300 µL
ഹീറ്റർ-ഷേക്കർ GEN1
NEST 96 വെൽ പ്ലേറ്റ് 100 µL PCR ഫുൾ സ്കർട്ട്
ഓപ്പൺട്രോൺസ് 24 ട്യൂബ് റാക്ക്, എപ്പൻഡോർഫ് 1.5 മില്ലി
സേഫ്-ലോക്ക് Snapcap

റിയാഗൻ്റുകൾ

DI വെള്ളം
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ബഫറിനൊപ്പം OneTaq® 2X PCR മാസ്റ്റർ മിക്സ്
ഫോർവേഡ് പ്രൈമർ 1
റിവേഴ്സ് പ്രൈമർ 1
ഫോർവേഡ് പ്രൈമർ 2
റിവേഴ്സ് പ്രൈമർ 2

പരീക്ഷണ കാലയളവ്

ആവശ്യമായ ക്ലാസ് സെഷനുകൾ 1
ലാബ് പ്രവർത്തന സമയം
ആകെ കണക്കാക്കിയ സമയം: 2.5-3 മണിക്കൂർ

കഴിഞ്ഞുview കൂടാതെ റെview മാനുവൽ പ്രോട്ടോക്കോൾ (ഭാഗം ഒന്ന്): 10 മിനിറ്റ്
ഓപ്പൺട്രോൺ പ്രോട്ടോക്കോൾ ഡിസൈനറിൽ ഡ്രാഫ്റ്റിംഗ് OT-2 പ്രോട്ടോക്കോൾ (ഭാഗം രണ്ട്): 35 മിനിറ്റ്

പ്രോട്ടോക്കോളുകൾ അവതരിപ്പിക്കുന്നു, സമവായ പ്രോട്ടോക്കോൾ തീരുമാനിക്കുന്നു: 15 മിനിറ്റ്
റണ്ണിംഗ് പ്രോട്ടോക്കോൾ, കോളനി ഡിപ്പ്, ഒരു ക്ലാസായി PCR (ഭാഗം മൂന്ന്): 1.5 മണിക്കൂർ

അടിസ്ഥാന ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ്

ക്ലാസിന് മുമ്പ് ഒരു ട്രയൽ റൺ നടത്തുക; ഈ രീതിയിൽ വിദ്യാർത്ഥികൾ എത്തുന്നതിന് മുമ്പ് അപ്രതീക്ഷിത സംഭവങ്ങൾ പരിഹരിക്കാൻ കഴിയും.

ടിപ്‌സ് സ്‌ട്രൈക്കിംഗ് പ്ലേറ്റുകളിലെ പ്രശ്‌നങ്ങൾ മിക്കവാറും എല്ലായ്‌പ്പോഴും ഇതര ലാബ്‌വെയറോ റോബോട്ട് കാലിബ്രേഷനോ ഉപയോഗിക്കുന്നത് മൂലമാണ്. നിങ്ങൾ ഇത് അനുഭവിക്കുകയും ശരിയായ ലാബ്‌വെയർ സ്ഥിരീകരിക്കുകയും ചെയ്താൽ, റോബോട്ട് വീണ്ടും കാലിബ്രേറ്റ് ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കുക.
നിങ്ങൾക്ക് ഓപ്പൺട്രോൺ പിന്തുണയുമായി ബന്ധപ്പെടണമെങ്കിൽ, നിങ്ങൾ ഞങ്ങളുടെ ഓപ്പൺട്രോൺസ് ഫോർ എഡ്യൂക്കേഷൻ പ്രോഗ്രാമിൻ്റെ ഭാഗമാണെന്നും നിങ്ങളുടെ അടുത്ത ലാബ് ക്ലാസിൻ്റെ തീയതിയും അവരെ അറിയിക്കുക.

ആവശ്യമായ പ്രീ-ലാബ് പ്രവർത്തനങ്ങൾ

ഈ ലാബിന് മുമ്പ്, വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് ഇനിപ്പറയുന്ന സാങ്കേതിക കഴിവുകളും സൈദ്ധാന്തിക പരിജ്ഞാനവും ഉണ്ടായിരിക്കണം:

ഒരു മാനുവൽ പൈപ്പറ്റിലേക്ക് ഒരു പൈപ്പറ്റ് ടിപ്പ് ലോഡ് ചെയ്യുക
മാനുവൽ പൈപ്പറ്റുകളുടെ വോളിയം ക്രമീകരണം
ഡിഎൻഎയുടെ സൈദ്ധാന്തിക പരിജ്ഞാനം ampലിഫിക്കേഷനും ജെൽ ഇലക്ട്രോഫോറെസിസും

നടപടിക്രമ ഗൈഡ്

കഴിഞ്ഞുview കൂടാതെ റെview മാനുവൽ പ്രോട്ടോക്കോൾ (ഭാഗം ഒന്ന്) ~ 10 മിനിറ്റ്
ക്ലാസിൽ വരുന്നതിന് മുമ്പ് വിദ്യാർത്ഥികൾ ലാബിൽ വായിക്കണം, എന്നാൽ ലാബ് സെഷൻ്റെ രൂപരേഖ തയ്യാറാക്കാനും ഉദ്ദേശ്യം വിശദീകരിക്കാനും വിദ്യാർത്ഥികളുടെ ചോദ്യങ്ങൾക്ക് ഉത്തരം നൽകാനും കുറച്ച് സമയമെടുത്ത് ആസൂത്രണം ചെയ്യുക.
മാനുവൽ E. coli സ്ക്രീനിംഗ് PCR കോളനി പ്രോട്ടോക്കോൾ വിദ്യാർത്ഥികൾ ഓട്ടോമേഷൻ സംയോജിപ്പിക്കുന്നത് ഇനിപ്പറയുന്നതാണ്:
പിസിആർ മാസ്റ്റർ മിക്സ് തയ്യാറാക്കുക:
1. ഓരോ മാസ്റ്റർമിക്‌സിൻ്റെയും അളവ് കണക്കാക്കുക E. coli കോളനി PCR കാൽക്കുലേറ്റർ.
2. "uL ഫോർ മാസ്റ്റർ മിക്‌സ്" കോളം ഉപയോഗിച്ച് 1.5 മില്ലി ട്യൂബിലെ ഓരോ മാസ്റ്റർ മിക്‌സിലും ഓരോ റീജൻ്റിൻ്റെയും കണക്കാക്കിയ തുക ചേർക്കുക.
3. ഒരു സ്ട്രിപ്പിൻ്റെയോ പ്ലേറ്റിൻ്റെയോ ഓരോ കിണറ്റിലേക്കും അലിക്വോട്ട് 20 µL മാസ്റ്റർ മിക്സ് ചെയ്യുക.
കോളനി മുക്കി PCR പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക (നമ്മുടെ നിലവിലെ OT-2 ൽ ഈ ഘട്ടങ്ങൾ ഓട്ടോമേറ്റ് ചെയ്യാൻ ഒരു മാർഗവുമില്ലെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക):
4. ഒരു പ്ലേറ്റിൽ നിന്ന് വളരെ ചെറിയ അളവിൽ കോളനി എടുത്ത് ആദ്യത്തെ PCR ട്യൂബിൽ മുക്കുക.
5. ഓരോ കോളനിക്കും ഒരു പുതിയ ടിപ്പ് ഉപയോഗിച്ച് ശേഷിക്കുന്ന ഓരോ PCR ട്യൂബുകൾക്കും ആവർത്തിക്കുക.
6. PCR ട്യൂബുകൾ ക്യാപ് ചെയ്യുക, അവയെ തെർമൽ സൈക്ലറിലേക്ക് നീക്കി ഉചിതമായ പ്രോട്ടോക്കോൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.

ഓപ്പൺട്രോൺസ് പ്രോട്ടോക്കോൾ ഡിസൈനറിൽ ഡ്രാഫ്റ്റിംഗ് OT-2 പ്രോട്ടോക്കോൾ (ഭാഗം രണ്ട്) ~ 35 മിനിറ്റ്
ഓരോ വിദ്യാർത്ഥിയും ഉപയോഗിക്കും ഓപ്പൺട്രോൺ പ്രോട്ടോക്കോൾ ഡിസൈനർ ഇനിപ്പറയുന്ന നിർദ്ദേശങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് അവരുടെ പ്രോട്ടോക്കോൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ:
1. റോബോട്ടിന് ആവശ്യമായ സജ്ജീകരണം, നിങ്ങൾക്ക് എന്ത് ഉപകരണങ്ങളും ഭാഗങ്ങളും ആവശ്യമാണ്, അവ എവിടേക്കാണ് പോകുന്നതെന്ന് വിവരിക്കാൻ നിങ്ങളോട് നിർദ്ദേശിക്കും. ഇതാണ് "File” എന്ന ടാബ് ഇടത് വശത്ത്.
2. പ്രോട്ടോക്കോളിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ദ്രാവകങ്ങൾ വിവരിക്കാൻ നിങ്ങളോട് ആവശ്യപ്പെടും. ഇവ പ്രാരംഭ ദ്രാവകങ്ങൾ മാത്രമായിരിക്കണം, നിങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കുന്ന ഒന്നും അല്ല.
3. നിങ്ങളുടെ പ്രോട്ടോക്കോൾ "ഡിസൈൻ" ചെയ്യുന്നതിനായി ആവശ്യമുള്ള പ്രോട്ടോക്കോൾ നടപ്പിലാക്കുന്നതിനായി എല്ലാ ദ്രാവകങ്ങളും എവിടേക്കാണ് നീക്കേണ്ടത് എന്ന് നിങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കേണ്ടതുണ്ട്.
ലാബിൻ്റെ ഈ ഭാഗത്ത്, വിദ്യാർത്ഥികളുമായി വ്യക്തിഗതമായി ചെക്ക്-ഇൻ ചെയ്യാനും അവർ എങ്ങനെ ഒത്തുചേരുന്നുവെന്ന് കാണാനും ആസൂത്രണം ചെയ്യുക. കാര്യക്ഷമമായി ചിന്തിക്കാനും ക്രോസ്-മലിനീകരണം ഒഴിവാക്കാനും അവരെ ഓർമ്മിപ്പിക്കുക.
പ്രോട്ടോക്കോളുകൾ അവതരിപ്പിക്കുന്നു, സമവായ പ്രോട്ടോക്കോൾ തീരുമാനിക്കുന്നു ~ 15 മിനിറ്റ്
വിദ്യാർത്ഥികൾ അവരുടെ യുക്തിസഹിതം അവരുടെ പ്രോട്ടോക്കോളുകൾ ഹ്രസ്വമായി അവതരിപ്പിക്കണം. ഒരു ക്ലാസ് എന്ന നിലയിൽ, ഇൻസ്ട്രക്ടർ പ്രവർത്തിപ്പിക്കേണ്ട ഒരു സമവായ പ്രോട്ടോക്കോൾ വിദ്യാർത്ഥികൾ തിരിച്ചറിയും.
ആരോഗ്യകരമായ സംവാദത്തിനും വിമർശനാത്മക ചിന്തയ്ക്കും ഈ സമയത്ത് കുറച്ച് ഇടം സൃഷ്ടിക്കാൻ ആസൂത്രണം ചെയ്യുക.

റണ്ണിംഗ് പ്രോട്ടോക്കോൾ, കോളനി ഡിപ്പ്, ഒരു ക്ലാസായി PCR (ഭാഗം മൂന്ന്) ~ 1.5 മണിക്കൂർ
ഒരു സമവായ പ്രോട്ടോക്കോൾ ക്ലാസ് തീരുമാനിച്ചുകഴിഞ്ഞാൽ, നിങ്ങൾ പ്രോട്ടോക്കോൾ, കോളനി ഡിപ്പ്, പിസിആർ എന്നിവ പ്രവർത്തിപ്പിക്കും.
ഈ ലാബിൻ്റെ വിവിധ ഭാഗങ്ങൾ ചെയ്യുന്നതിനായി വിദ്യാർത്ഥി സന്നദ്ധപ്രവർത്തകരെ വളർത്തിക്കൊണ്ടുവരുന്നതിലൂടെ ഈ വിഭാഗം കൂടുതൽ ആകർഷകമാക്കാൻ നിങ്ങൾ തീരുമാനിച്ചേക്കാം.
PCR പ്രവർത്തിക്കുമ്പോൾ, ഓട്ടോമേഷൻ്റെ പോരായ്മകളും അവസരങ്ങളും ഒരു ക്ലാസായി ചർച്ച ചെയ്യാനും ചോദ്യങ്ങൾക്ക് ഉത്തരം നൽകാനും അല്ലെങ്കിൽ ചെറിയ ഗ്രൂപ്പുകളായി ലാബ് റിപ്പോർട്ടിൽ പ്രവർത്തിക്കാൻ വിദ്യാർത്ഥികളെ അനുവദിക്കാനും നിങ്ങൾക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കാം.

ലാബ് റിപ്പോർട്ട്

നിർദ്ദേശങ്ങൾ
വിദ്യാർത്ഥികളെ അവരുടെ ഫലങ്ങളും OT-2 ഓട്ടോമേഷനും പ്രതിഫലിപ്പിക്കാൻ സഹായിക്കുന്ന ഒരു സമഗ്ര ലാബ് റിപ്പോർട്ട് തയ്യാറാക്കാൻ അവരെ ചുമതലപ്പെടുത്തുക. പര്യവേക്ഷണത്തിനുള്ള ചില ആശയങ്ങൾ ചുവടെ ചേർക്കുന്നു:

കോഡ് ഷഫിംഗ് ആക്റ്റിവിറ്റി: നിങ്ങൾ വാതിൽ തുറന്നപ്പോൾ ഓപ്പൺട്രോൺസ് കോഡിൻ്റെ എല്ലാ പേജുകളും നിങ്ങളുടെ മേശപ്പുറത്ത് നിന്ന് പൊട്ടിത്തെറിച്ചു!
കോഡിൻ്റെ ഓരോ പേജിലും എന്താണ് സംഭവിക്കുന്നതെന്ന് മനസിലാക്കുക, തുടർന്ന് അവ ശരിയായ ക്രമത്തിൽ വയ്ക്കുക.
a. നീല
b. പച്ച
c. ചുവപ്പ്
നിങ്ങൾ തയ്യാറാക്കിയ OT-2 പ്രോട്ടോക്കോളിലേക്ക് മടങ്ങുക. നിങ്ങളുടെ ഓട്ടോമേഷൻ കൂടുതൽ കാര്യക്ഷമമാക്കുന്നതിനുള്ള എന്തെങ്കിലും അവസരങ്ങൾ നിങ്ങൾക്ക് തിരിച്ചറിയാനാകുമോ?

നിങ്ങളുടെ പ്രോട്ടോക്കോളിലെ ചില നിർണായക പോയിൻ്റുകൾ തിരിച്ചറിയുക, ഓട്ടോമേഷൻ സമയത്ത് കാര്യങ്ങൾ തെറ്റായി സംഭവിക്കാം (ഉദാ: ക്രോസ്-കണ്‌ടമിനേഷൻ അല്ലെങ്കിൽ ഒരു റീജൻ്റ് തീർന്നു). നിങ്ങൾക്ക് ഇവയെ എങ്ങനെ അഭിസംബോധന ചെയ്യാം?
Review ഈ ലാബിൽ ജെൽ ഇലക്ട്രോഫോറെസിസ് ഫലങ്ങളുടെ ഒരു ചിത്രം അറ്റാച്ചുചെയ്യുക. ഈ ഫലങ്ങൾ നിങ്ങൾ എങ്ങനെയാണ് വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നത്?

വിദ്യാർത്ഥി ഗൈഡ് PCR കോളനി സ്ക്രീനിംഗ്

ഉദ്ദേശം
OT-2 ലിക്വിഡ് ഹാൻഡ്‌ലിംഗ് റോബോട്ടിലും ഓപ്പൺട്രോൺ പ്രോട്ടോക്കോളിലും നടപ്പിലാക്കിയ PCR ഉപയോഗിച്ച് ശരിയായി കൂട്ടിച്ചേർത്ത പ്ലാസ്മിഡ് ഡിഎൻഎ അടങ്ങിയ കോളനികൾ തിരിച്ചറിയുക എന്നതാണ് നിങ്ങളുടെ ഇന്നത്തെ ലക്ഷ്യം.
ഡിസൈനർ.
ഇത് ചെയ്യുന്നതിന് നിങ്ങൾ ചെയ്യേണ്ടത്:

പ്രൈമറുകൾ തിരിച്ചറിയുക ampവെക്റ്റർ ബാക്ക്ബോണിനും ഇൻസേർട്ടിനും ഇടയിലുള്ള ജംഗ്ഷനിൽ വ്യാപിച്ചുകിടക്കുന്ന ഒരു ശകലം ലിഫൈ ചെയ്യുക

മാനുവൽ E. coli PCR കോളനി സ്ക്രീനിംഗ് പ്രോട്ടോക്കോൾ മനസ്സിലാക്കുക
ഒരു OT-2 E. coli PCR കോളനി സ്ക്രീനിംഗ് പ്രോട്ടോക്കോൾ വികസിപ്പിക്കുന്നതിന് പ്രോട്ടോക്കോൾ ഡിസൈനർ ഉപയോഗിക്കുക

ആവശ്യമായ ഉപകരണങ്ങൾ
പൈപ്പറ്റുകളും നുറുങ്ങുകളും:

P20 സിംഗിൾ-ചാനൽ GEN2
P300 സിംഗിൾ-ചാനൽ GEN2
ഓപ്പൺട്രോൺസ് 96 ടിപ്പ് റാക്ക് 20 µL
ഓപ്പൺട്രോൺസ് 96 ടിപ്പ് റാക്ക് 300 µL

മൊഡ്യൂളുകളും ലാബ്വെയറുകളും:

ഹീറ്റർ-ഷേക്കർ GEN1
NEST 96 വെൽ പ്ലേറ്റ് 100 µL PCR ഫുൾ സ്കർട്ട്
ഓപ്പൺട്രോൺസ് 24 ട്യൂബ് റാക്ക്, എപ്പൻഡോർഫ് 1.5 മില്ലി സേഫ്-ലോക്ക് സ്നാപ്കാപ്പ്

ഘടകാംശങ്ങൾ:

DI വെള്ളം
OneTaq® PCR മാസ്റ്റർ മിക്സ്
ഫോർവേഡ് പ്രൈമർ 1
റിവേഴ്സ് പ്രൈമർ 1
ഫോർവേഡ് പ്രൈമർ 2
റിവേഴ്സ് പ്രൈമർ 2

പരീക്ഷണാത്മക നടപടിക്രമം
പശ്ചാത്തലം
ഇ.കോളിയിലും മറ്റ് മിക്ക ബാക്ടീരിയകളിലും സസ്തനി കോശങ്ങളിലും ഉള്ള ഡിഎൻഎയിൽ PCR ചെയ്യാൻ, നമുക്ക് ജീവിയുടെ ഏതാനും കോശങ്ങളെ ഒരു PCR ആക്കി മാറ്റാം, പ്രാരംഭ ഡീനാറ്ററേഷൻ ഘട്ടം ഡിഎൻഎ പുറത്തുവിടുന്ന കോശങ്ങളെ ലൈസ് ചെയ്യും. ഈ പ്രോട്ടോക്കോളിൽ സംഭവിക്കുന്ന ഏറ്റവും സാധാരണമായ പ്രശ്നം, നിങ്ങൾ പ്രതികരണത്തിലേക്ക് വളരെയധികം കോശങ്ങൾ ഇടുന്നു എന്നതാണ്, കൂടാതെ പോളിമറേസുമായി ഇടപെടാൻ കഴിയുന്ന പ്രത്യേകമല്ലാത്ത ഡിഎൻഎയും മറ്റ് തന്മാത്രകളും ഉണ്ട്. നഗ്നതക്കാവും സസ്യങ്ങളും പോലുള്ള മറ്റ് ജീവികളിൽ വളരെയധികം ഇടപെടുന്ന വസ്തുക്കൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, അതായത് അവയുടെ കോശഭിത്തികൾ, കൂടുതൽ കഠിനമായ ലിസിസ് ആവശ്യമാണ്. കൂടുതൽ ബുദ്ധിമുട്ടുള്ള ഈ ജീവികളിൽ നിന്ന് ഡിഎൻഎ പുറത്തുവിടാൻ ഞങ്ങൾ സാധാരണയായി ഒന്നുകിൽ ഫ്രീസ്-ഥോ സൈക്കിളുകൾ, സോഡിയം ഹൈഡ്രോക്സൈഡ് ലിസിസ് അല്ലെങ്കിൽ ലിക്വിഡ് നൈട്രജൻ ഉപയോഗിച്ച് പൊടിക്കുക.
എന്തുതന്നെയായാലും, ഇവിടെ പ്രധാന കാര്യം, ഒരു പ്രതികരണത്തിൽ ധാരാളം ഡിഎൻഎ ഉണ്ടാകാൻ നിങ്ങൾക്ക് ധാരാളം കോശങ്ങൾ ആവശ്യമില്ല എന്നതാണ്. വാസ്തവത്തിൽ, E. coli-യെ സംബന്ധിച്ചിടത്തോളം, PCR-നായി നിങ്ങൾ ലൈസ് ചെയ്യാനും ഉപയോഗിക്കാനും ഉദ്ദേശിക്കുന്ന സെൽ സൊല്യൂഷൻ മേഘാവൃതമായിരിക്കാനോ മൈക്രോബയോളജി പദപ്രയോഗത്തിൽ "പ്രക്ഷുബ്ധമായ" ആയിരിക്കാനോ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നില്ല. കോശങ്ങൾ ലായനിയിലേക്ക് ചിതറുന്നത് നിങ്ങൾക്ക് കാണാൻ കഴിയുകയില്ല.
സാധാരണഗതിയിൽ, മൈക്രോബയോളജിസ്റ്റുകൾ PCR റിയാക്ഷൻ മിശ്രിതത്തെ ഒരു മാസ്റ്റർ മിക്‌സായി (ഒരു ട്യൂബിൽ ആവശ്യമായ എല്ലാ പ്രതിപ്രവർത്തനങ്ങളോടും കൂടി) ഉണ്ടാക്കും, തുടർന്ന് ഈ മാസ്റ്റർ മിശ്രിതം വ്യക്തിഗത ട്യൂബുകളിലേക്ക് മാറ്റും. നിങ്ങൾക്ക് കൂടുതൽ വോളിയം ആവശ്യമില്ല, ഒരു ബാൻഡ് കാണാൻ 20 µL പൊതുവെ മതിയാകും, പ്രത്യേകിച്ചും നിങ്ങളുടെ ജെൽ ഒഴിക്കുമ്പോൾ ഒരു വീതികുറഞ്ഞ ചീപ്പ് ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ. അതിനുശേഷം നിങ്ങൾ ഓരോ പിസിആർ ട്യൂബിലും ഒരു ചെറിയ കോളനിയിൽ ഒരു നുറുങ്ങ് മുക്കി അതിന് മൃദുലമായ സ്വിസിൽ നൽകുക. (ഒരു ഉപദേശം: കോളനികൾ എടുക്കുന്നത് വരെ ലായനിയിൽ നുറുങ്ങ് വിടുക, അങ്ങനെ ട്യൂബുകളുടെ പ്ലേറ്റിലോ സ്ട്രിപ്പിലോ നിങ്ങളുടെ സ്ഥാനം നഷ്ടപ്പെടില്ല.)
15 വ്യത്യസ്‌ത കോളനികൾക്കായുള്ള ഞങ്ങളുടെ പ്ലാസ്‌മിഡുകളുടെ ശരിയായ അസംബ്ലിയും അതുപോലെ നെഗറ്റീവ് നിയന്ത്രണവും കണ്ടെത്താൻ ഞങ്ങൾ രണ്ട് വ്യത്യസ്ത സെറ്റ് പ്രൈമറുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു, നട്ടെല്ലിന് ഞങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച പ്ലാസ്മിഡ്.
ഇത് മൊത്തം 32 വ്യത്യസ്ത പിസിആറുകളായിരിക്കും. കോളനി പിസിആറുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നത് ഭയാനകമല്ലെങ്കിലും ഈ സ്‌കെയിലിൽ പൈപ്പറ്റിംഗ് എങ്ങനെ മടുപ്പിക്കുന്നുവെന്നും തെറ്റ് വരുത്തുന്നത് എളുപ്പമാണെന്നും നിങ്ങൾക്ക് കാണാൻ കഴിയും. മാസ്റ്റർ മിക്സ് രീതി തീർച്ചയായും സഹായിക്കുന്നു, എന്നാൽ ആവർത്തനമില്ലാത്ത കാര്യങ്ങൾക്ക്, ഓപ്പൺട്രോണുകൾ വളരെയധികം സഹായിക്കുന്നു. OT-2-ൽ ഈ പ്രോട്ടോക്കോൾ സൃഷ്‌ടിക്കുന്നത് ലാബ് ഓട്ടോമേഷനിലേക്ക് നിങ്ങളെ പരിചയപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള വളരെ പ്രാപ്യമായതും എന്നാൽ പ്രകടമായതുമായ ഒരു പ്രോട്ടോക്കോൾ ആയിരിക്കും.

ഭാഗം ഒന്ന്: റിviewമാനുവൽ E. coli PCR കോളനി സ്ക്രീനിംഗ് പ്രോട്ടോക്കോൾ
ഈ ലാബിലെ നിങ്ങളുടെ ലക്ഷ്യം ഇനിപ്പറയുന്ന മാനുവൽ E. coli കോളനി PCR പ്രോട്ടോക്കോൾ ആവർത്തിക്കുന്ന ഒരു ഓട്ടോമേറ്റഡ് Opentrons OT-2 പ്രോട്ടോക്കോൾ സൃഷ്ടിക്കുക എന്നതാണ്:
പിസിആർ മാസ്റ്റർ മിക്സ് തയ്യാറാക്കുക:

ഓരോ മാസ്റ്റർമിക്സിൻ്റെയും അളവ് കണക്കാക്കുക E. coli കോളനി PCR കാൽക്കുലേറ്റർ.
"uL ഫോർ മാസ്റ്റർ മിക്‌സ്" കോളം ഉപയോഗിച്ച് 1.5 മില്ലി ട്യൂബിലെ ഓരോ മാസ്റ്റർ മിക്‌സിലും ഓരോ റീജൻ്റിൻ്റെയും കണക്കാക്കിയ തുക ചേർക്കുക.
ഒരു സ്ട്രിപ്പിൻ്റെയോ പ്ലേറ്റിൻ്റെയോ ഓരോ കിണറ്റിലേക്കും അലിക്വോട്ട് 20 µL മാസ്റ്റർ മിക്സ് ചെയ്യുക.
കോളനി മുക്കി PCR പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക (നമ്മുടെ നിലവിലെ OT-2 ൽ ഈ ഘട്ടങ്ങൾ ഓട്ടോമേറ്റ് ചെയ്യാൻ ഒരു മാർഗവുമില്ലെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക):
ഒരു പ്ലേറ്റിൽ നിന്ന് വളരെ ചെറിയ അളവിൽ കോളനി എടുത്ത് ആദ്യത്തെ PCR ട്യൂബിൽ മുക്കുക.
ഓരോ കോളനിക്കും ഒരു പുതിയ ടിപ്പ് ഉപയോഗിച്ച് ശേഷിക്കുന്ന ഓരോ PCR ട്യൂബുകൾക്കും ആവർത്തിക്കുക.
പിസിആർ ട്യൂബുകൾ ക്യാപ് ചെയ്യുക, തെർമൽ സൈക്ലറിലേക്ക് നീക്കി ഉചിതമായ പ്രോട്ടോക്കോൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.

ഭാഗം രണ്ട്: നിങ്ങളുടെ OT-2 പ്രോട്ടോക്കോൾ ഉണ്ടാക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ പ്രോട്ടോക്കോൾ നിർമ്മിക്കാൻ, തുറക്കുക ഓപ്പൺട്രോൺ പ്രോട്ടോക്കോൾ ഡിസൈനർ.

റോബോട്ടിന് ആവശ്യമായ സജ്ജീകരണം, നിങ്ങൾക്ക് എന്ത് ഉപകരണങ്ങളും ഭാഗങ്ങളും ആവശ്യമാണ്, അവ എവിടേക്കാണ് പോകുന്നതെന്ന് വിവരിക്കാൻ നിങ്ങളോട് നിർദ്ദേശിക്കും. ഇതാണ് "File” എന്ന ടാബ് ഇടത് വശത്ത്.
പ്രോട്ടോക്കോളിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ദ്രാവകങ്ങൾ വിവരിക്കാൻ നിങ്ങളോട് ആവശ്യപ്പെടും. ഇവ പ്രാരംഭ ദ്രാവകങ്ങൾ മാത്രമായിരിക്കണം, നിങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കുന്ന ഒന്നും അല്ല.(ഈ വ്യത്യസ്‌ത പ്രൈമറുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിന് നിങ്ങൾക്ക് പ്രോട്ടോക്കോൾ ഡിസൈനറിലെ 'സീരിയലൈസ്' ചെക്ക്‌ബോക്‌സ് ഉപയോഗിക്കാനാകുമെന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക. വോള്യങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുമ്പോൾ ഇത് ഞങ്ങൾക്ക് പിന്നീട് മാറ്റാൻ കഴിയുന്ന ഒന്നാണെന്നും ശ്രദ്ധിക്കുക, നിങ്ങൾ ഇടുന്ന വോളിയം അർത്ഥവത്താണെന്നും അതിൽ കൂടുതലാണെന്നും ഉറപ്പാക്കുക. നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമാണെന്ന് നിങ്ങൾ കരുതുന്നു.)
നിങ്ങളുടെ പ്രോട്ടോക്കോൾ "രൂപകൽപ്പന ചെയ്യുക", ആവശ്യമുള്ള പ്രോട്ടോക്കോൾ നടപ്പിലാക്കുന്നതിനായി എല്ലാ ദ്രാവകങ്ങളും എവിടേക്കാണ് നീക്കേണ്ടതെന്ന് അവസാനമായി നിങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കേണ്ടതുണ്ട്.
നിങ്ങളുടെ OT-2 പ്രോട്ടോക്കോൾ വികസിപ്പിച്ചെടുക്കുമ്പോൾ അത് എങ്ങനെ ഏറ്റവും കാര്യക്ഷമമാക്കാം എന്ന് ചിന്തിക്കുക. "ഗിയർ ഐക്കണിന്" കീഴിൽ വിപുലമായ ക്രമീകരണങ്ങൾ പരിശോധിക്കുക. നുറുങ്ങുകൾ സംരക്ഷിക്കാൻ നിങ്ങൾക്ക് വ്യത്യസ്ത പാതകളും ഉപയോഗിക്കാം. നിങ്ങൾ റിയാക്ടറുകളെ മലിനമാക്കുകയോ നശിപ്പിക്കുകയോ ചെയ്യുന്നില്ലെന്ന് ഉറപ്പാക്കുക, ശ്രദ്ധിക്കുക
ക്രോസ് മലിനീകരണത്തിനായുള്ള ഞങ്ങളുടെ പരീക്ഷണം. ഈ ലൈനുകളിൽ, ഒരു റീജൻ്റ് തീർന്നുപോകുന്നത് പോലെ തെറ്റായി സംഭവിക്കാവുന്ന കാര്യങ്ങളെക്കുറിച്ച് ചിന്തിക്കാനും ശ്രമിക്കുക, കൂടാതെ ഇവ രേഖപ്പെടുത്തുന്നത് ഉറപ്പാക്കുക, കാരണം ഇത് നിങ്ങളുടെ പ്രോട്ടോക്കോൾ ഡീബഗ്ഗ് ചെയ്യുന്നതിനും നിങ്ങളുടെ നിർണായക പോയിൻ്റുകളെക്കുറിച്ച് അന്തിമ ഉപയോക്താവിന് അറിയാമെന്ന് ഉറപ്പാക്കുന്നതിനും സഹായകമായേക്കാം. പ്രോട്ടോക്കോൾ.
സോഫ്‌റ്റ്‌വെയർ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് കുറച്ച് സമയമെടുത്തേക്കാം, എന്നാൽ നിങ്ങൾക്ക് ചുറ്റും ക്ലിക്കുചെയ്‌ത് വളരെ വേഗത്തിൽ ഉപയോഗിക്കാനാകും, അവസാനം ഇത് വളരെ അവബോധജന്യമാണ്. ഒരു പ്രോട്ടോക്കോൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിന് ധാരാളം ക്ലിക്കുകൾ ആവശ്യമാണെങ്കിലും, അത് പൈത്തണിൽ എഴുതിയതാണെങ്കിൽ കൂടുതൽ ഉപയോഗപ്രദമാകാനും s ചേർക്കുന്നതിന് എളുപ്പത്തിൽ പരിഷ്‌ക്കരിക്കാനുമാകും.ampലെസ് അല്ലെങ്കിൽ പുതിയ റിയാക്ടറുകൾ.
നിങ്ങളുടെ പ്രോട്ടോക്കോൾ പൂർത്തിയാക്കിയ ശേഷം " എന്നതിലേക്ക് മടങ്ങുകFile” അത് കയറ്റുമതി ചെയ്യുക. ഇത് പിന്നീട് ഇറക്കുമതി ചെയ്യാനോ OT-2 ലേക്ക് അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യാനോ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കും.
ഒരു ക്ലാസ് എന്ന നിലയിൽ, ഓരോ വിദ്യാർത്ഥിയും അവരുടെ പ്രോട്ടോക്കോൾ സംക്ഷിപ്തമായി അവതരിപ്പിക്കുകയും OT-2-ൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള അന്തിമ ക്ലാസ് പ്രോട്ടോക്കോൾ ഞങ്ങൾ ഒരുമിച്ച് തീരുമാനിക്കുകയും ചെയ്യും.

ആമുഖം
പാഠ്യപദ്ധതി പഠിപ്പിക്കുന്നതിന് മുമ്പ്, ക്ലാസിന് മുമ്പ് ഇനിപ്പറയുന്ന ഘട്ടങ്ങൾ പൂർത്തിയാക്കുക.

അധിക പിന്തുണ ആവശ്യമുണ്ടോ?

സാങ്കേതിക പിന്തുണയ്‌ക്കായി, ദയവായി ഞങ്ങളുടെ പരിശോധിക്കുക Opentrons സഹായ കേന്ദ്രം പ്രസക്തമായ ലേഖനങ്ങൾക്ക്. നിങ്ങൾക്ക് കൂടുതൽ പിന്തുണ ആവശ്യമുണ്ടെങ്കിൽ, ദയവായി ബന്ധപ്പെടുക support@opentrons.com.
പാഠ പദ്ധതിയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് നിങ്ങൾക്ക് ചോദ്യങ്ങളുണ്ടെങ്കിൽ, ദയവായി ബന്ധപ്പെടുക
രചയിതാവിന് പുറത്ത്, ക്ലേ റൈറ്റ്, പിഎച്ച്.ഡി wrightrc@vt.edu.

പ്രമാണങ്ങൾ / വിഭവങ്ങൾ

ഓപ്പൺട്രോൺസ് OT-2 ലിക്വിഡ് ഹാൻഡ്ലിംഗ് റോബോട്ട് [pdf] ഉപയോക്തൃ ഗൈഡ്
OT-2, OT-2 ലിക്വിഡ് ഹാൻഡ്‌ലിംഗ് റോബോട്ട്, ലിക്വിഡ് ഹാൻഡ്‌ലിംഗ് റോബോട്ട്, ഹാൻഡ്‌ലിംഗ് റോബോട്ട്, റോബോട്ട്

റഫറൻസുകൾ

ഉപയോക്തൃ മാനുവൽ

OT-2 ലിക്വിഡ് കൈകാര്യം ചെയ്യുന്ന റോബോട്ട്

ഉദ്ദേശം